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Alexander Knoll ist Biologe. Für seine Promotion am Karlsruher Institut für Technologie versucht er, die DNA-Reparatur und -Rekombination in Pflanzen besser zu verstehen.

Emanuel Heitlinger promoviert an den Universitäten Karlsruhe und Edinburgh. Er untersucht mit Hilfe von Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung die Evolution eines Wirt-Parasit-Systems.

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Archiv Oktober 2009

28. Oktober 2009

Gefiederte Wölfe?

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 11

kea.jpgBevor es im nächsten Post eher molekular zugeht, habe ich hier noch eine nette Doku für euch: Kea - Mountain Parrot.

Keas (Nestor notabilis) sind Papageien, die in den Bergen Neuseelands leben. Oft werden sie mit ihrem olivgrünen Gefieder als als eher unauffällig beschrieben, zu unrecht wie ich finde. Klickt einfach mal auf das Bild, um es größer anzusehen, und bewundert die Details in den Federn!
Der Kea ist jedenfalls ein interessanter Papagei. Er lebt außerhalb der Tropen, im Winter sogar im Schnee der Neuseeländischen Alpen. Und in dieser Jahreszeit kriegt er nicht genug seiner normalen Nahrung - Pflanzenteile und Insekten. Und da kommt dann ihre Intelligenz ins Spiel. Keas sind bekannt dafür, Werkzeuge zu benutzen, Taschen zu öffnen und für bestimmte Ziele auch zusammen zu arbeiten.

Seit rund 150 Jahren halten sich unter neuseeländischen Farmern hartnäckig die Gerüchte, Keas würden sogar Schafe reißen. Obwohl es bei Anekdoten blieb, wurden sie lange Zeit energisch gejagt, es war sogar ein Kopfgeld auf Keas ausgesetzt. Witzigerweise gab es die ersten Beweise für dieses Verhalten nur ein paar Jahre, nachdem die Jagd auf Keas wieder verboten wurde - in eben dieser Dokumentation.

Und die Keas gehen hier auch sehr clever vor. Sie schleichen sich fast lautlos mitten in der Nacht in eine Schafherde, springen dann einem Schaf auf den Rücken. Und dort laben sie sich dann an einem Leckerbissen (zumindest für die Keas...): Mit ihrem spitzen, gebogenen Schnabel knabbern sie an der Fettschicht, die die Nieren der Schafe umhüllt!

Ich kann den Film leider nicht hier einbinden, man kann ihn aber hier ansehen. Die Schafsattacke ist im 4. Teil (rechts bei "Clip Selection" Clip 4 auswählen) , ungefähr ab 2:00 Minuten. Wenn ihr die Zeit habt, schaut euch die Doku ganz an, sie ist es wirklich wert!


Bildquelle: kea von Mollivan Jon/flickr


Autor: Alexander· 28.10.09 · 22:06 Uhr· 11 Kommentare

22. Oktober 2009

LaTeX für schönere provisorische pdfs

Kategorie: Technik  ·  Kommentare: 13

Viele werden es kennen: Man möchte sich am Abend einen Ausdruck des brandneuen Papers mitnehmen, auf das man am Morgen per Mail-Alarm aufmerksam gemacht wurde. Manchmal beginnt dann schon der Drucker zu summen, bevor man feststellt, dass die eben heruntergeladene provisorische pdf-Version des Volltexts nicht ganz so schön lesbar ist wie die html-Version des Abstracts das man eben noch vor Augen hatte.

Online Veröffentlichung, wie sie besonders in den open-access Journalen stattfinden, sind eine schöne Sache: Sofort nachdem das Paper akzeptiert wurde ist es verfügbar. Der Nachteil: Die dann zugängliche Veröffentlichung ist, was die Formatierung betrifft, in dem Zustand in dem die Autoren ihre letzte Version eingereicht haben. Oft heißt das bei den von den meisten Biologen bevorzugten Dateiformaten aus Office-Anwendungen doppelter Zeilenabstand und Zeilennummern. Bei einem durchschnittlich langen Paper kommen so leicht mal 30 dünn bedrückte Seiten zustande (ich setze hier keine Links zu Beispielen, da diese dazu verurteilt wären nach einiger Zeit zu den schön formatierten Versionen zu führen).

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Autor: Emanuel Heitlinger· 22.10.09 · 20:21 Uhr· 13 Kommentare

18. Oktober 2009

Fixiert auf Methodik - Analyse von Sequenzdaten

Kategorie: Naturwissenschaften·Technik

In der Biologie gibt es momentan einen rasanten technischen Fortschritt was die Sequenzierung von DNA angeht. Es werden mit neuen Methoden immer größere Datenmengen erzeugt. Diese neue Methoden sind insofern neu, dass sie nicht auf den chemischen Reaktionen beruhen, die in den frühen 70er Jahren von Frederick Sanger und Kollegen entdeckt wurden. Tatsächlich wurden nämlich genau diese Reaktionen in einer hoch parallelisierten Form zur Sequenzierung des ersten menschlichen Genoms und für die Genome der bekannten Modellorganismen eingesetzt.

Die Weiterentwicklung der ursprünglichen Technik ging im Fall der Sanger-Sequenzierung mit einer Weiterentwicklung der Methoden zur Analyse der Sequenzen einher. Diese Weiterentwicklung fand auf beiden Gebieten - Chemie der Sequenzierungsreaktionen und Algorithmen zur Dantenanalyse - an öffentlich finanzierten Forschungseinrichtungen statt. Der chemische Part wurde dann im Nachhinein kommerzialisiert.

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Autor: Emanuel Heitlinger· 18.10.09 · 19:23 Uhr· 0 Kommentare

12. Oktober 2009

Was denkt ihr zum Begriff "Wissenschaft"?

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 15

Es gibt doch diese lustigen Wort-Assoziationsspiele. Ich sage einen Begriff, und ihr antwortet so schnell wie möglich mit dem Wort, das euch als erstes dazu in den Kopf kommt. Also, was kommt euch beispielsweise bei "Wissenschaft" in den Sinn? Wie gesagt, nicht das beste, sondern das erste Wort!
Glücklicherweise haben das Wissenschaftler der Uni Florida schon für uns gemacht. Die haben wohl sogar eine große Datenbank mit Wort-Assoziationen, die bis in die 1970er zurückreicht. Kiki Sanford von The Bird's Brain hat aus den 12 häufigsten Antworten zu "science" ein Wordle erstellt (die Größe des Worts steht für seine Häufigkeit):

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Autor: Alexander· 12.10.09 · 22:52 Uhr· 15 Kommentare

11. Oktober 2009

Ein paar Gedanken zum Nobelpreis für Telomere

Kategorie: Medizin·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 4

Mit ein wenig Verspätung will ich nun auch noch ein paar Gedanken zum diesjährigen Medizin-Nobelpreis für Elizabeth Blackburn, Carol Greider und Jack Szostak loswerden.

Zunächst gibt es eine einfache Antwort, warum das Thema Telomere und die drei Preisträger auf so vielen Listen zu finden waren: Es gibt einen inoffiziellen "Nobelpreis" für die Life Sciences (für die Biologie gibt es ja keinen echten), den Lasker Award. Den erhielten die Preisträger genau in der Konstellation und für das Thema Telomere 2006. Da ungefähr die Hälfte der Lasker-Preisträger wenige Jahre später auch den Nobelpreis erhielt, war es also gar nicht so schwierig, auf Blackburn, Greider und Szostak zu kommen.

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Autor: Alexander· 11.10.09 · 09:16 Uhr· 4 Kommentare

08. Oktober 2009

Die Translation: ein molekulares Happening

Kategorie: Naturwissenschaften

Update: Parallel zu diesem Post (um genau zu sein sogar ein wenig früher) hat Tobias drüben auf WeiterGen auch das Video gepostet!

Mir ist gerade aufgefallen, dass noch niemand hier auf den ScienceBlogs das beste Lehrvideo zur Proteinbiosynthese und der Funktion von Ribosomen verbloggt hat. Das muss sich schleunigst ändern, gerade auch nach dem gestrigen Chemie-Nobelpreis für die Strukturaufklärung des Ribosoms für Ramakrishnan, Steitz und Yonath.

Man nehme: Mehrere Hundert (!) lockere, recht bunt gekleidete Studenten, denen man kostenlose Getränke und natürlich Spaß verspricht, und stellt noch ein paar Ausdruckstänzer vom benachbarten Tanzinstitut dazu. Die stellt man dann alle an einem warmen Sommertag auf eine große Wiese der Stanford Universität des Jahres 1971, und lässt sie den Vorgang der Translation nachspielen - Menschen bilden lange Ketten von mRNA, die ribosomalen Untereinheiten, oder auch wichtige weitere Faktoren. Und während diese Menschen über die Wiese kriechen, rollen, laufen, hüpfen und tanzen, lässt man den Nobelpreisträger Paul Berg (Chemie 1980) das Ganze kommentieren. Untermalen muss man sowas stilecht mit 70er-Jahre Beschriftung und Flower-Power Musik namens "Protein Jive Sutra".

Das Video ist deshalb so beeindruckend, weil die gezeigten Vorgänge tatsächlich so ähnlich in der Zelle stattfinden. Grundsätzlich findet man in einer modernen Animation der Translation auch nichts anderes, aber man stelle sich nur den Aufwand vor, mehrere hundert Menschen zu koordinieren!


Autor: Alexander· 08.10.09 · 17:52 Uhr· 0 Kommentare

02. Oktober 2009

Konferenzbloggen - mein Eindruck danach

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 3

Mittlerweile bin ich endlich auch zuhause wieder online (hat ja nur nen Monat gedauert...), und die Artikel für die Tagung der Gesellschaft für Genetik sind auch alle online. Wer möchte, kann gern drüben bei Martin Fenners Blog Gobbledygook vorbeschauen, von meinem kurzen Begrüßungspost aus sind alle weiteren Artikel verlinkt! Die Texte sind jedoch verfasst mit anderen Biologen als Zielgruppe im Hinterkopf, ohne ein Basiswissen in Biologie sind die leider nicht leicht verständlich, fürchte ich.

Das Konferenzbloggen war jedenfalls eine interessante Erfahrung für mich. Ich habe den Vorträgen aufmerksamer gelauscht als bisher, und eifrig Notizen mitgetippt. Ich war nicht nur ein "einfacher" Doktorand, sondern den Teilnehmern als dieses seltsame Wesen namens Blogger bekannt. So habe ich mehr Leute kennenlernen können als sonst der Fall gewesen wäre, und auch mein Poster bekam deutlich mehr Aufmerksamkeit, als ich das gewohnt bin. Also Achtung Wissenschaftler: Bloggen ist gut für die Karriere! ;-)
Aber ich denke, das Konferenzblog hat auch positive Seiten für andere: Viele Wissenschaftler, die keine Zeit oder kein Geld für den Besuch der Konferenz hatten, können so einen Einblick in die Themen und die Atmosphäre bekommen. Das bedeutet für die Organisatoren des Meetings, dass sie eine größere Gruppe von Wissenschaftlern erreichen, und für die Redner, dass mehr Leute von ihrer Arbeit erfahren. Und das sollte doch ein Ziel eines Wissenschaftlers sein: die eigene Arbeit in so viele Köpfe wie möglich zu bekommen.

Aus meiner Sicht war das "Experiment" offizielles Konferenzbloggen also ein voller Erfolg. Bleibt abzuwarten, wie sich das in Zukunft entwickeln wird - Wissenschaftler sind schließlich ein sehr konservatives Völkchen. Mit Zuspruch von vielen unterschiedlichen Seiten - Wissenschaftler, Meetingorganisatoren, und auch Journals wie Nature - sieht es jedenfalls gut aus!


Autor: Alexander· 02.10.09 · 14:34 Uhr· 3 Kommentare

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