Science Online London 2010

Kategorie: Geistes- & Sozialwissenschaften·Kultur·Naturwissenschaften·Politik·Technik

Während in Barcelona über das Wochenende die EMBO ihr Meeting abhält, bin ich in London in der British Library für Science Online London 2010.

Wissenschaft und Wissenschaftsjournalismus im Internet, sei es auf Blogs, Twitter oder sonst irgendwie, Welchen Einfluss hat das Internet auf die Wissenschaft? Die Kommunikation steht hier klar im Vordergrund, aber auch das Teilen von wissenschaftlichen Daten über das Internet und deren gemeinsame Auswertung und Überprüfung.
Neben klassischen Vorträgen wird ein Teil des Meetings auch als Unconference organisiert sein. Dazu noch jede Menge unterhaltsames drumherum wie Führungen bei der Royal Society, ein Besuch bei der Diamond Light Source, und ein netter Abend auf der Dachterasse bei Mendeley.

Ich weiß noch nicht, ob und wieviel ich während des Meetings hier bloggen kann. Science Online London ist aber natürlich auch auf Twitter vertreten, als @soloconf. Da viele der Gäste auf Twitter unterwegs sind, kann man dem Meeting sicher sehr gut auch vom Rest der Welt aus folgen, indem man den Hashtag #solo10 im Auge behält.
Und für diejenigen mit viel Zeit vor dem Rechner wird es einen Livestream der Konferenz drüben bei Science 3.0 geben!

Autor: Alexander· 02.09.10 · 15:57 Uhr· 0 Kommentare

Zitierst du mich, zitier ich dich?

Kategorie: Geistes- & Sozialwissenschaften·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 7

Nature News brachte vor kurzem einen Artikel über den vermeintlichen Zusammenhang zwischen dem Umfang der Literaturangaben am Ende eines Papers und der Häufigkeit, mit der dieses Paper dann zitiert wird. Da ich gerade selbst am Paper schreiben bin, habe ich mich natürlich dafür interessiert!

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Autor: Alexander· 30.08.10 · 10:07 Uhr· 7 Kommentare

Web of Stories

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften

Ich bin wieder da! Ein wenig zumindest, ich will und muss es erst mal ruhiger angehen lassen. Ich weiß, ich hab schon ne ganze Zeitlang nichts mehr geschrieben, aber die Arbeit geht immer vor. Weil sich die jetzt aber wieder ein wenig normalisiert, kanns hier auch wieder losgehen!

Deshalb heute erst mal ein wenig seichte Kost. Kennt ihr schon Web of Stories? Nicht? Na dann schnell hin! Der Sinn dahinter ist schnell erzählt: Man nehme einen Menschen, setze ihn vor eine Kamera, und lasse ihn eine kurze Geschichte erzählen, was ihm so gerade einfällt. Und wie das so ist mit Geschichten, führt eine zur anderen, und mit der Zeit soll dann eben auch ein Netz von Geschichten entstehen. Zur Zeit ist Web of Stories noch in der Betaphase, mit nur zwei Kanälen. Trotzdem sind schon viele interessante Menschen drin, überraschenderweise überwiegend Wissenschaftler. Sydney Brenner ist beispielsweise jemand, dem ich den ganzen Tag zuhören könnte, nicht nur wenn er wissenschaftlich vorträgt, sondern auch wenn er einfach aus seinem Leben erzählt. Es zeigt auch, dass ein Nobelpreisträger sich problemlos auch mit so komischen Sachen wie alten Science Fiction Heften beschäftigen kann, oder man lernt, wieso man für im Labor gemixte Cocktails immer 95%igen, nie 100%igen Alkohol benutzen sollte...

Schaut einfach mal rein!

Autor: Alexander· 22.08.10 · 18:20 Uhr· 0 Kommentare

Jürgen Markl: Biologie

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften·Themenwoche  ·  Kommentare: 5

Das neue Lehrbuch "Biologie" für die Oberstufe von Jürgen Markl hat einen kleinen bunten Frosch auf der Vorderseite. Ich kenne noch andere allgemeine Lehrbücher der Biologie (die auch diesen Titel haben), und alle haben sie einen Frosch vorne drauf: den "Campbell" (als er in Deutschland noch bei Spektrum erschien), und sein Nachfolger bei Spektrum, den "Purves". Es ist wohl noch nicht mal ein Zufall, dass verschiedene Bücher ähnliche Motive auf ihrem Cover haben - Jürgen Markl ist (beziehungsweise war) Herausgeber der deutschen Versionen beider Bücher. Doch ist der neue Markl innen drin, wo es drauf ankommt, ähnlich gut wie ich es selbst noch vom alten Campbell gewohnt bin?

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Autor: Alexander· 13.06.10 · 18:51 Uhr· 5 Kommentare

2x aus dem Fenster schauen

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften·Umwelt  ·  Kommentare: 4

Abstruse Goose: World View (CC by-nc 3.0)

I have a friend who's an artist and he's some times taken a view which I don't agree with very well. He'll hold up a flower and say, "look how beautiful it is," and I'll agree, I think. And he says, "you see, I as an artist can see how beautiful this is, but you as a scientist, oh, take this all apart and it becomes a dull thing." And I think he's kind of nutty.

First of all, the beauty that he sees is available to other people and to me, too, I believe, although I might not be quite as refined aesthetically as he is. But I can appreciate the beauty of a flower.

At the same time, I see much more about the flower that he sees. I could imagine the cells in there, the complicated actions inside which also have a beauty. I mean, it's not just beauty at this dimension of one centimeter: there is also beauty at a smaller dimension, the inner structure...also the processes.

The fact that the colors in the flower are evolved in order to attract insects to pollinate it is interesting - it means that insects can see the color.

It adds a question - does this aesthetic sense also exist in the lower forms that are...why is it aesthetic, all kinds of interesting questions which a science knowledge only adds to the excitement and mystery and the awe of a flower.

It only adds. I don't understand how it subtracts.

Autor: Alexander· 11.06.10 · 19:54 Uhr· 4 Kommentare

Ich bin natürlich versessen!

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 2

Wie funktioniert Wissenschaft? Wie sieht der Alltag eines Molekularbiologen eigentlich aus? Ich habs ja schon mehr als einmal gesagt, aber Marcus Anhäusers Berichte im Labortagebuch über seine Zeit beim Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik fand ich richtig klasse. Die Wissenschaft kam nicht zu kurz, aber gleichzeitig hat er es auch geschafft, den Laboralltag und die Leute die die Wissenschaft machen, realistisch und deshalb auch spannend zu beschreiben.

So etwas ähnliches gibt es jetzt auch zum Anschauen! Richard Rifkind, ein Emeritus vom Sloan-Kettering Institute for Cancer Research, hat zusammen mit der Autorin Carole Rifkind drei Jahre lang die Hochs und Tiefs einer kleinen Gruppe von Molekularbiologen am Colubia University Medical Center in New York verfolgt. Der Gruppenleiter Lawrence Shapiro ist besonders interessiert an der Strukturaufklärung von regulatorischen Proteinen des Energiehaushalts. Der Film "Naturally Obsessed" konzentriert sich vor allem auf die Forschungsprojekte seiner drei Doktoranden, und auch deren Leben. Er zeigt, wie der Alltag in der Molekularbiologie aussieht: immer wieder die gleichen Versuche, die öfter fehlschlagen als funktionieren. Trotzdem immer wieder die Hoffnung, dass beim nächsten Mal der ganz große Knaller rauskommt. Die Euphorie, und die viel zu häufige Verzweiflung, wenn es dann doch nicht klappt. Die alten, kleinen Laborräume, in denen jeder freie Platz mit irgendeinem Gerät vollgestopft ist. Aber auch das Leben außerhalb des Labors, das viel zu oft zu kurz kommt: Sondereinsätze am Sonntag zur Kristallstrukturanalyse von Proteinen, zerbrochene Beziehungen und das Baby, das bis nach der Doktorprüfung warten muss.

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Autor: Alexander· 30.05.10 · 22:19 Uhr· 2 Kommentare

Das Venter-Rezept für Bakterien mit synthetisiertem Genom

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 19

Ich habe nicht vor, hier Venter-Bashing zu betreiben. Genausowenig will ich rumphilosophieren, ob Craig Venter und sein Team Gott spielen. Beides kriegt man zur Genüge woanders, wenn einem danach ist. Ich werde auch nicht lange überlegen, ob hier künstliches Leben geschaffen wurde - meine Antwort dazu ist ein deutliches Nein.

Trotzdem stellt das, was Daniel Gibson und Kollegen vom J. Craig Venter Institute (JCVI) in ihrem neusten Paper in Science geschrieben haben, gleich mehrere bemerkenswerte methodische Fortschritte dar, die nicht nur dem Ziel Venters, künstliches Leben zu schaffen, weiterhelfen werden. Um genau diese neuen aufregenden Methoden soll es hier also gehen.

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Autor: Alexander· 22.05.10 · 17:59 Uhr· 19 Kommentare

Mitochondrial Aging, progress on triple-negative breast cancer and the probability of a common ancestor are my MolBio Picks of the Week

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 1

It's been a while since the last edition, but this week, the MolBio Picks of the Week (usually at home over at MolBio Research Highlights) are hosted here! If you are interested in one or more of the blog posts or research papers summed up here, please check out the full posts at the respective blogs.

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Autor: Alexander· 17.05.10 · 20:53 Uhr· 1 Kommentar

Hello Schröddy

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 7

Nicht wirklich meine Farbe, und auch nicht mein Schnitt. Schade. Wer bei ThinkGeek ist auf die Idee gekommen, dieses Hello Schröddy Shirt wollen nur Frauen anziehen? Naja, wenn schon ich das nicht kaufen kann, dann vielleicht wenigstens ein paar meiner Leserinnen!

Ich hab ja noch überlegt, ob ich den Witz erklären muss, dachte aber dass die Leser hier schon mal was von Schrödingers Katze gehört haben sollten. Und dann fällt mir ein: Können alle die Verbindung zum Schleifchen ziehen? ;-)

via den Couchpotatoes Podcast.

Autor: Alexander· 02.04.10 · 18:55 Uhr· 7 Kommentare

Die Leiden des jungen (reisenden) Wissenschaftlers

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 4

Zuerst einmal: Falls wer schon gehofft hat - nein, ich bin nicht von einem Berglöwen erwischt worden! Ich bin nur wieder im Ausland unterwegs, und in den wenigen Tagen zwischen Kalifornien und meinem aktuellen Trip war so viel zu tun, dass einfach keine Zeit fürs Bloggen war. Die aktuelle Reise hat mich nach England geführt, genauer zum Wellcome Trust Genome Campus in Hinxton südlich von Cambridge. Dort befindet sich das European Bioinformatics Institute (das, um ganz genau zu sein eigentlich nur eine sog. Outstation des European Molecular Biology Laboratory ist, das sich ganz in der Nähe meines Arbeitsplatzes in Heidelberg befindet), und dort nehme ich am Workshop "Plant Bioinformatics" teil. Hier geht es allerdings nicht wirklich um Programmieren, Perl und R (das überlasse ich dann lieber Emanuel), sondern um das Kennenlernen der vielen Datenbanken und Werkzeuge, die am EBI angeboten werden, um sie im Arbeitsalltag effizienter einsetzen zu können.

In diesem Post soll es aber um etwas anderes gehen, nämlich meine Anreise nach England. Wer keine Rants lesen will hört am Besten hier auf.

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Autor: Alexander· 30.03.10 · 23:13 Uhr· 4 Kommentare

Nochmal Konferenz

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 3

Vielleicht fragt sich schon der ein oder andere wo denn die dritte Woche meines R-Kurs Berichts bleibt. Der Aufschub hat einen ähnlichen Grund wie Alex's Zurückhaltung in den letzten Wochen. Ich musste meine Beiträge für die 24. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Parasitologie vorbereiten.

Ich hatte mich mit meinen Abstracts sehr weit aus dem Fenster gelehnt und musste innerhalb der letzten beiden Wochen speziell für meinen "Hauptvortrag" sehr viel arbeiten.
Morgen geht es los, meine Vorträge (es sind zwei) sind zwar nicht perfekt, aber ich stelle hiermit die Arbeit ein.

Wer sich dafür interessiert, kann sich den Vortrag zu meinem Hauptprojekt ansehen. Er wurde in einer Methoden-Session platziert, was sicher Sinn macht. Leider fehlt mir etwas die Zeit um bei dem Anova-slide das wirkliche Modell in die Grafik zu plotten.

Der zweite Vortrag zu meinem bereits publizierten Paper hat mich dazu veranlasst mich nochmals besonders mit den Regressions-Modellen zu beschäftigen. Allerdings bin ich selbst nach drei Wochen Kurs auf keinen grünen Zweig gekommen. Ich musste mich wie schon bei der Publikation damit abfinden, dass aus manchen Daten vielleicht einfach nicht viel mehr rauszuholen ist.

Also bei beiden Vorträgen etwas Mut zum Imperfektionismus...

Autor: Emanuel Heitlinger· 15.03.10 · 17:23 Uhr· 3 Kommentare

Meeting-Mode

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften·Umwelt

Ich habe schon ein paar Tage nichts mehr von mir hören lassen, jedenfalls hier auf Alles was lebt. Wer mir auf Twitter folgt, weiß schon warum: Ich bin zur Zeit in Kalifornien auf dem Meeting "Plant DNA repair and recombination 2010", wo sich so gut wie alle treffen, die international zu diesem Thema arbeiten. Was überraschend wenige sind, das Feld ist recht überschaubar.
Hier, das ist am äußersten Zipfel der Monterey-Halbinsel in den Asilomar Conference Grounds. Dabei handelt es sich um eine weitläufige Anlage mit darin verteilten Häusern für die Übernachtung, und größeren Gebäuden für Essen und Talks. In Richtung Pazifik liegt zwischen meiner Unterkunft und dem Strand noch ein Naturschutzgebiet mit Dünen für entspannte Spaziergänge zwischen den Sessions, wenn man mit den Kollegen diskutieren will.

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Autor: Alexander· 04.03.10 · 17:05 Uhr· 0 Kommentare

Stammzellen mit selbstzerstörerischen Tendenzen?

Kategorie: Medizin·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 2

Jeder von uns, genauso wie alle anderen Organismen auf der Erde, nimmt täglich Schaden an der DNA in den Körperzellen. Dagegen kann man erstmal nichts machen, die Schäden sind auf natürliche innere und äußere Gründe zurückzuführen: Ionisierende Strahlung aus dem All und dem Boden; UV-Strahlung; DNA-schädigende Moleküle, die wir mit der Nahrung zu uns nehmen; sogar unser eigener Stoffwechsel produziert mit reaktiven Sauerstoffspezies Moleküle, die die DNA angreifen können! Dass wir diesen ständigen Ansturm auf unsere DNA überhaupt überleben, liegt vor allem an den zahlreichen sehr guten DNA-Reparaturproteinen in den Zellen. Für jede erdenkliche Art von Schaden gibt es dafür spezialisierte Reparaturwege. Für die meisten Arten von Schäden kann bei der Reparatur eine grundlegende Eigenschaft der DNA genutzt werden: Da sich im Doppelstrang die Sequenz eines Strangs aus der des gegenüberliegenden Strangs ergibt, können die Reparaturproteine problemlos ein Stück des beschädigten DNA-Strangs herausschneiden und die Lücke dann wieder mit der korrekten Sequenzinformation des zweiten Strangs schließen.
Das geht bei der gefährlichsten Art von DNA-Schaden aber nicht. Entstehen zwei Brüche im Rückgrat der DNA nahe beieinander auf beiden Strängen, hat man einen Doppelstrangbruch (DSB). Die Reparaturproteine wissen nun nicht, ob (und was!) sich zwischen den freiliegenden Enden der DNA befunden hat. Die freien Enden sind nämlich unter anderem Proteinen ausgesetzt, die die DNA vom Ende an abbauen, es findet also oft an einem DSB ein Sequenzverlust statt. Und was, wenn mehrere DSBs gleichzeitig vorhanden sind, vielleicht noch auf verschiedenen Chromosomen? Welche Enden gehören zusammen? Trotz all diesen Schwierigkeiten ist die Standardstrategie bei vielen Organismen, die Enden einfach wieder zusammenzuflicken. Das können sie unter anderem deshalb ungestraft machen, weil ein großer Teil ihres Genoms aus genetischem Gerümpel besteht, bei dem eventuelle Mutationen keine große Rolle spielen. Die alternative Strategie setzt auf das Kopieren von gleichen Sequenzen von woanders aus dem Genom. Da wir jedes Chromosom doppelt besitzen (eins vom Vater, eins von der Mutter), kann die sogenannte homologe Rekombination (HR) beispielsweise die Sequenzinformation vom mütterlichen Chromosom nutzen, wenn das väterliche einen DSB hat. Dieser Vorgang ist erstmal sicherer für die Sequenz, allerdings auch ungleich komplexer durchzuführen, als einfach die Enden aneinander zu pappen [1].

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Autor: Alexander· 25.02.10 · 23:25 Uhr· 2 Kommentare

Kontraste in Anova und Ancova

Kategorie: Naturwissenschaften

Heute sind Kontraste im R-Kurs das Thema. Diese braucht man um in einer Anova oder Ancova festzustellen welche factor-levels denn die Unterschiede zeigen.
Ich habe etwas zusätzlicht Arbeit gleistet und eine Funktion geschrieben, die Kontraste auf ihre Unabhängigkeit überprüft. Das war der spassigste Teil dieses Praktikums und ich habe dabei eine neue Lieblings-Funktion namens combn gefunden.
Hier also pdf und Quelltext (Sweave) .

Besonders ist dieses mal, dass es im Text auch zwei Stellen gibt, an denen eine Berechnung nicht erklärt werden kann, Mick Crawley konnte mir hier auch nicht weiter helfen...
Wer eine Antwort darauf hat woher die "MYSTERY-numbers" kommen, sollte das bitte in den Kommentaren erklären.

Autor: Emanuel Heitlinger· 24.02.10 · 22:44 Uhr· 0 Kommentare

Gefahr im URlaub: verschachtelte Statistik (Nested Designs)

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 2

Hier der nächste Teil meines Mitschriebs in Mick Crawleys R-Kurs als pdf und Quelltext.

Als Erklärung zum reißerischen Titel:
Es geht um "Verschachtelte"(Nested) Analysedesigns, die für schlecht in Statistik ausgebildete Wissenschaftler eine große Gefahr darstellen. In den Datensätzen ist Pseudoreplikation enthalten, Abhängigkeit der Errors vermeidlicher Wiederholungen. Da kann man sich vor Reviewern, Konferrenz-Publikum und Studenten schnell lächerlich machen...
Noch schlimmer: Bei schlechten experimentellen Design ist sehr leicht Zeit und Geld zu verschwenden.

Autor: Emanuel Heitlinger· 23.02.10 · 20:19 Uhr· 2 Kommentare

R-Kurs: Ancova 2

Kategorie: Naturwissenschaften

Der zweite Teil zur Ancova, als pdf und .Rnw Quellcode.

Einer der letzten Teile zur "Statistik mit Identity-link" in Mick Crawleys R-Kurs.
Nach einem Praktikumsteil über "Verschachtelte"(Nested) Analysedesigns, den ich morgen fertig haben werde, bleibt nur noch multiple Regression und möglicherweise ein kurzer Rückblick auf Kontraste in der faktoriellen Anova/Ancova für übermorgen. Danach geht es dann los mit glms.

Autor: Emanuel Heitlinger· 22.02.10 · 19:49 Uhr· 0 Kommentare

Anova die Zweite

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 4

Hier also der Zweite Teil meines Mitschriebs(R-Kurs) zur Anova. Im pdf und in der Sweave Qualldatei kann man sich anschauen, was ich als Gedächtnisstütze und zum Testen meines Verständnisses code und texte.

Dass damit das Thema Anova noch nicht abgeschlossen ist dürfte einleuchten: Es fehlen noch wichtige Themen wie Kontraste und Varianzkomponenten.
Ich werde diese später in andere Themenbereiche einbauen oder einen Teil 3 der Anova schreiben.
Insgesamt werde ich wohl erst am Ende Ordnung in alles bringen können. Ich wollte für meine Doktorarbeit sowieso noch lernen, wie man große Sweave-Dokumente aus Einzelteilen baut. In der Zwischenzeit freue ich mich über Kommentare, Anregungen und jeden gefundenen Fehler.

Autor: Emanuel Heitlinger· 20.02.10 · 01:35 Uhr· 4 Kommentare

Anova und Ancova im URlaub

Kategorie: Naturwissenschaften

Heute gleich zwei der -neben der Regression- grundlegenden Themen aus Mick Crawleys R-Kurs:

Varianzanalyse (Anova) und Kovarianzanalyse (Ancova) hier als pdf und Sweave Source.
Ich rechne alle notwendigen Quadratsummen und die daraus folgenden Varianzen "von Hand". Während diese Übungen eigentlich eher konzipiert waren um R im Taschenrechner-Stil zu benutzen, habe ich versucht bis zu den Quadratsummen halbwegs generelle Funktionen zu benutzen.
Vielleicht werde ich das bei Gelegenheit mal noch weiter treiben und die einzelnen Schritte für Varianzen, F-Werte und Wahrscheinlichkeiten auch noch in Funktionen zu paken.

Ich habe Anova und Ancova in ein Dokument gepackt, da die erste Übung der jeweiligen Praktikumstage auf dem gleichen Datensatz basierte. Für beide Themen wird es noch einen gesonderen Zweiten Teil geben, der jeweils komplexere Daten mit den in R verfügbaren Mitteln analysiert.

Autor: Emanuel Heitlinger· 18.02.10 · 17:26 Uhr· 0 Kommentare

Regression 2: Transformieren

Kategorie: Naturwissenschaften

Heute nur ein kleiner Nachtrag zum gestrigen Hauptteil der Regression in Mick Crawley's R-Kurs. In einem Kommentar zum ersten Post ist sie auch schon erwähnt worden: Die Transformation.
Im pdf oder dem Sweave Quellcode kann man sich ansehen wie das in R gemacht werden kann.

Das ganze ist eher der langweilige Teil der Übungen zur Regression und ich habe ihn nur der Vollständigkeit halber nachgeholt. Morgen geht es weiter mit Anova und Ancova, wo ich mich mit meinem eigenen Code dann auch wieder weniger an die Vorgaben des Praktikums halte.

Autor: Emanuel Heitlinger· 18.02.10 · 00:55 Uhr· 0 Kommentare

Regression am vierten URlaubstag

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 5

Hier mein Mitschrieb für den Kurstag vier von Mick Crawley's R-Kurs. Diesmal hab ich die Funktionen etwas in kleinere Teile zerlegt. Kleinere Fehler sind trotzdem nicht ausgeschlossen, da der Kurs langsam an Tempo zulegt und die Art meines Mitschriebs etwas zeitraubend ist.
Hier also das pdf und die Sweave Source.

Viel Spass damit! Ich freue sowohl über generelle Rückmeldung, ob man dem Mitschrieb als Außenstehender folgen kann, als auch über jeden gefunden Fehler!

Autor: Emanuel Heitlinger· 16.02.10 · 14:59 Uhr· 5 Kommentare