Das “Human Genome Project” war einst ein ambitioniertes Project mit dem Ziel, das menschliche Genom zu sequenzieren. Es dauerte zwar einige Jahre, genügend Genetiker dafür zu begeistern, aber als es 1990 begann fragte kaum jemand “warum?” Die Herausforderung alleine war schon faszinierend, ganz zu schweigen von den zu gewinnenden Erkenntnissen. Es dauerte über 10 Jahre, alle Chromosomen des Menschen zu sequenzieren. Während die Wissenschaftler langsam und mühsam nach und nach die einzelnen Chromosomen sequenzierten, wurden sie aber vom technologischen Fortschritt eingeholt. Gibt es da nicht eine Arthur C. Clarke-Geschichte, in der Astronauten 30 Jahre nach dem Aufbruch zu einem fremden Planeten von ihren Söhnen und Töchtern eingeholt wurden? So war es auf jeden Fall hier: eines Tages im Jahre 1998 hatte Craig Venter mit seiner Firma Celera die privat investierte Konkurrenz zum öffentlich finanzierten Humangenomprojekt ausgerufen. 2001 waren dann beide (mehr oder weniger) fertig und publizierten ihre Daten nebeneinander – einer in Science, die anderen in Nature.

Jetzt, 10 Jahre später, hört man ab und zu immer wieder Kritik an dem Mammutprojekt, denn die Ergebnisse fielen bescheidender aus, als man sich erhofft hatte. Die Entdeckungen lassen sich bei Wikipedia in 4 Sätzen zusammenfassen. Es ist zwar interessant zu sehen, dass nur knapp 2 Prozent des menschlichen Genoms für die Herstellung von Proteinen ist und dass die Hälfte all unserer DNA nichts weiter ist als Wiederholungen von Sequenzen sind, für die wir bislang keine wirkliche Funktion kennen. Aber abgesehen von diesen beschreibenden Datensätzen können wir mit Hilfe des Genoms immer noch keinen Krebs heilen, keine Trisomie 21 verhindern, und sowieso sind wir noch weit weg vom Szenario aus “Gattaca.”

Zum Glück?

Ich denke, die Erwartungen, die eine komplette Genomsequenzierung geschürt hat, waren zumindest in den Medien viel zu hoch. Aber dennoch ist Vielen nicht bewusst, welch ein Fortschritt so eine Sequenzierung mit sich bringt. Zu Beginn hielt man die nichtkodierenden Bereiche wortwörtlich für “Schrott,” doch mittlerweile hat das Humangenomprojekt dazu beigetragen, diese Sichtweise zu ändern. Gerade in den Wiederholungen könnten die Erklärungen dafür liegen, wie die kodierenden Bereiche zu Stande kommen. Das Projekt ist zwar offiziell beendet, aber die Forschung an unseren Genen geht weiter.

Und nicht nur an unseren. Genome werden momentan sequenziert wie nie zuvor. Zuerst waren es die kleinen Bakterien, Hefen und Pilze. Mittlerweile werden jedes Jahr ca. zwei Säugetiere sequenziert. Dieses Jahr war der Orang-Utan dran. Bei den Insekten war 2011 das Jahr der Ameise, mit insgesamt vier Genomen. Das Genom der Honigbiene kennen wir schon seit 2006. Die meisten Genome werden ausgewählt weil die Tiere besonders nützlich oder ungemein schädlich sind. Deshalb ist es einfacher, Gelder für eine Viren-übetragende Mücke zu bekommen als für … sagen wir mal … Chorthippus biguttulus.

i-836d8283ae0a5626b0745aad43b0bfd9-spidermite_cover.jpgDas neueste Genom aus der Reihe gehört aber einem ganz besonderen Problemfall, und genau das macht es faszinierend.

Die Spinnenmilbe

In den USA hat die Agrarwirtschaft irgendwie in jedem Insekten-Forschungsprojekt seine Finger mit im Spiel. Dreht es sich um etwas mit mehr als vier Beinen, gibt es immer Jemanden, der überlegt, wie man das Tier nutzen oder bekämpfen kann. Kein Wunder, da die USA auch unter den drei Topexporteuren in Sachen Landwirtschaft liegen. Die Spinnenmilbe ist dabei eines der größten Probleme, da sie unheimlich viele der für die Landwirtschaft relevanten Pflanzen fressen kann (über 1000 verschiedene Pflanzen, darunter Mais, Soja, Baumwolle und unzählige Gemüsesorten). Außerdem ist sie immun gegen die meisten Pestizide. Und sollte es etwas geben, was der Milbe etwas anhaben kann, dauert es nur wenige Jahre bevor sie auch dagegen eine Resistenz aufgebaut hat. Spinnenmilben sind für Landwirte so eine Art HIV auf acht Beinen.

Nun hat die University of Utah das Genom der Spinnenmilbe Tetranychus urticae sequenziert. Die Ergebnisse lassen überraschen und sind weitaus spannender als die meisten anderen Genome, denn viele der identifizierten Gene sind uns schon längst bekannt. Nur nicht alle in demselben Tier.

Das Spinnenmilbengenom ist erstaunlich klein. Mit ca. 90 Million Basenpaaren ist es etwa 30 Mal kleiner als das von uns und das kleinste bekannte Genom eines Arthropoden. Aber während bei uns die ganzen noch recht wirren Bereiche von Wiederholungen das Genom ausfüllen, ist das Genom von Tetranychus stark konzentriert mit Informationen. Von den 18 414 Genen (zum Vergleich: Wir haben auch nur etwa 20 000!) werden über 15 000 genutzt um Proteine herzustellen. Viele davon kennen wir: Hox-Gene sind das klassische Beispiel aus dem Biounterricht, wenn es um die Entwicklung zum Erwachsenen geht. Bei Drosophila-Fliegen z.B. lässt sich sehr gut nachverfolgen, aus welchem Körperteil der Larve später welcher Teil im Erwachsenen wird. Das Hox-Gen Antennapedia zum Beispiel spielt dabei eine Rolle bei der Aktivierung der spezifischen Gene in dem Körperteil, an dem die Beine ansetzen, so dass eine Fliege Beine am Kopf bekommt, wenn Antennapedia-Proteine im Kopf exprimiert werden. Der Spinnenmilbe fehlen allerdings zwei dieser Hox-Gene, die bei allen anderen Arthropoden vorkommen. Der Körperbau der Spinnenmilbe fällt tatsächlich durch die Reduktion einiger Abschnitte auf und das Fehlen von zwei Hox-Genen könnte die Ursache dafür sein.

Ecdysteroide wiederum sind Hormone, die eine wichtige Rolle bei der Häutung von Spinnen und Insekten spielen, doch gerade das bei Insekten am weitesten verbreitete, 20-Hydroxyecdyson, konnte bei der Spinnenmilbe nicht gefunden werden. Insgesamt sind erstaunlich viele Gene in der Evolution der Spinnemilbe verschwunden, die bei ihren Verwandten vorhanden sind. Über 1000 Genfamilien sind weg. (Genfamilien sind Gruppen von Genen, die funktionell zusammen gehören, wie etwa die Hämoglobin-Gene bei uns.) Stattdessen hat die Spinnenmilbe jedoch eine Menge zugelegt; 6609 Gene sind bislang nur bei der Spinnenmilbe zu finden.

Die eigentlichen Überraschungen treten aber erst bei den Genen auf, die Proteine zum Abbau von Giftstoffen herstellen. Und genau diese sind es auch, die die Spinnenmilbe so erfolgreich machen. Genfamilien, die bei Entgiftung eine Rolle spielen, haben bei der Spinnenmilbe zum Teil dreimal mehr Gene als aus anderen Arthropoden bekannt ist. Wenn die Milben auf neue Pflanzen übertragen werden, werden jeweils unterschiedliche Gene aus diesen Genfamilien aktiviert. Ein Experiment, welches im Zusammenhang mit der Genomsequenzierung durchgeführt wurde, bestätigte das. Die Hälfte aller Cytochrome P450 wurden bei einem Wechsel entweder an- oder ausgeschaltet. P450 ist eine große Gen(über)familie, dessen Gene bei Insekten besonders bei Konfrontation mit Pestiziden zum Einsatz kommen. Im Menschen haben sie viele Rollen, aber unter anderem interagieren ihre Enzyme bei der Einnahme von Medikamenten mit den körperfremden Stoffen, bevorzugt in der Leber.

Zuletzt wurden die Wissenschaftler allerdings vor ein Rätsel gestellt, denn sie fanden einige Gene, die wir bisher nur von Bakterien und Pilzen kannten. Dort werden sie zur Manipulation von bestimmten Molekülen benutzt. Es ist möglich, dass die Spinnenmilbe diese Gene irgendwann von Bakterien und Pilzen übernommen hat. Im Grunde wäre das ein natürlich evolviertes Beispiel dessen, was wir Menschen in der Landwirtschaft machen. In Nutzpflanzen wie Tabak werden Gene des Bakteriums Bacillus thuringiensis integriert, welche sogenannte Cry-Proteine produzieren. Diese verleihen dem Tabak Resistenz gegen verschiedene Schädlinge. Könnte es sein, dass die Spinnenmilbe auf eine ähnliche Weise so die Resistenz gegen Pestizide aufbaut?

Momentan werden 1000 menschliche Genome sequenziert, um die genetische Vielfalt von Homo sapiens besser zu verstehen. Gleichzeitig wird diskutiert, was man nicht alles mit 1000 Insekten- oder Arthropodengenomen anstellen könnte. Davon sind wir noch recht weit entfernt, aber mit der zunehmenden Sequenziergeschwindigkeit und den rapide abnehmenden Kosten (mittlerweile kann jeder sogar seinen Hund sequenzieren lassen um herauszufinden, welche Rassen in ihm stecken!) ist es wohl nur noch eine Frage der Zeit. Sicher ist, dass jedes neue Genom einen Haufen neuer Fragen aufwerfen wird. Aber genauso lernen wir mit jedem Genom etwas mehr über die Entstehung und Veränderung von Arten.

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Fotos eines Spinnenmilben-Befalls (von Bill Bumgarner, Flickr). Achtung: Klick auf die Fotos lässt die Tiere aus dem Bildschirm krabbeln.


ResearchBlogging.orgGrbić, M., Van Leeuwen, T., Clark, R., Rombauts, S., Rouzé, P., Grbić, V., Osborne, E., Dermauw, W., Thi Ngoc, P., Ortego, F., Hernández-Crespo, P., Diaz, I., Martinez, M., Navajas, M., Sucena, É., Magalhães, S., Nagy, L., Pace, R., Djuranović, S., Smagghe, G., Iga, M., Christiaens, O., Veenstra, J., Ewer, J., Villalobos, R., Hutter, J., Hudson, S., Velez, M., Yi, S., Zeng, J., Pires-daSilva, A., Roch, F., Cazaux, M., Navarro, M., Zhurov, V., Acevedo, G., Bjelica, A., Fawcett, J., Bonnet, E., Martens, C., Baele, G., Wissler, L., Sanchez-Rodriguez, A., Tirry, L., Blais, C., Demeestere, K., Henz, S., Gregory, T., Mathieu, J., Verdon, L., Farinelli, L., Schmutz, J., Lindquist, E., Feyereisen, R., & Van de Peer, Y. (2011). The genome of Tetranychus urticae reveals herbivorous pest adaptations Nature, 479 (7374), 487-492 DOI: 10.1038/nature10640

Kommentare (11)

  1. #1 Christian A.
    Dezember 11, 2011

    Ihhh! Du hättest eine Warnung geben sollen nicht auf die Bilder … moment … ach, schon gut …

    Die Hox-Gene hab ich im Biologieunterricht nicht mehr kennengelernt – der ist nun nicht sooo lange her. Sind die erst neuerdings (so vor 10 Jahren) in die Schule diffundiert, oder muss ich mich bei meinen Biolehrern beschwern?

    Jedenfalls ist Genetik etwas, was mich immer noch total baff macht, weil ich das überhaupt nicht verstehe. Ich weiß zwar, dass da Moleküle über die DNS fahren und dabei Teile der DNS auslesen (d.h. entsprechende Proteine synthetisieren), aber wie wird das alles gesteuert? Woher wissen die Antennapedia, dass sie in der Kopfregion nicht aktiviert werden sollen, usw.?

    Und noch eine Frage zur Klarifizierung (drittletzter Absatz): Wenn das Tier die Wirtpflanze wechselt, und damit auch die Exprimierung der für den Giftabbau zuständigen Gene, dann bedeutet dass dass die Milbe sich gegen die Pflanzenspezifischen Gifte wappnet bzw. diese abbaut, oder? Und weil die Spinnenmilbe so viele von diesen Genen hat, kann sie auch entsprechend vielseitig reagieren.

  2. #2 Dr. Webbaer
    Dezember 12, 2011

    Jetzt, 10 Jahre später, hört man ab und zu immer wieder Kritik an dem Mammutprojekt, denn die Ergebnisse fielen bescheidender aus, als man sich erhofft hatte.

    Es könnte einmal die grundsätzliche Problematik erklärt werden, nämlich, dass die Erfassung oder “Sequenzierung” einer Datenhaltung, nämlich der Gene, keineswegs bedeutet, dass daraus Information extrahiert werden kann. – Insofern ist bspw. Dr. W dem oben zitierten ‘man’ nicht zuzurechnen…

  3. #3 Nils
    Dezember 12, 2011

    @Christian:
    Hm, jetzt wo du’s sagst, überlege ich ob die Hox-Gene doch erst im Studium dran kamen. Aber ich erinnere mich irgendwie an die Folie aus dem Leistungskurs, in der farblich die Fliegenkörperteile und die entsprechenden Gene dargestellt waren. Hier ist eine, wie ich finde, ganz nette Animation zu den Hox-Genen bei Drosophila. Gegen Ende kommt auch Antennapedia vor …
    Der Webbaer hat übrigens ganz Recht, wenn er sagt, dass wir nicht einfach Informationen aus Genen “auslesen” können. Aber man kann an ihnen, und auch dem Genom, Hypothesen testen. So wie das hier gemacht wurde. Da das Umsetzen auf einen anderen Wirt andere Gene aktiviert hat, kann man annehmen, dass (wenn es sich bei diesen Genen um welche für Gift abbauende Proteine handelt) dies ein Schritt in der Milben-Physiologie im Schutz vor Giftstoffen ist. Dein letzter Satz ist somit wahrscheinlich korrekt: Die Spinnenmilbe ist dank ihrer antitoxischen Genvielfalt entsprechend flexibel.

  4. #4 Dr. Webbaer
    Dezember 12, 2011

    Aber man kann an ihnen, und auch dem Genom, Hypothesen testen.

    Was aber gefährlich ist, denn selbst wenn sich bspw. herausarbeiten ließe, dass Eigenschaft E Genom G (beziehungsweise Gen-Muster M) bedingt bzw. mit einem hohen Faktor korreliert, so heißt das nicht, dass G oder M nicht auch andere “Funktionen” haben könnten. Im Kleinen, in diesem Fall mit der netten Milbe, kann man sicherlich noch versuchen glücklich zu werden, auch wenn man nicht genau weiß, was man letztlich macht, im Großen, also bspw. auf den Menschen bezogen, kann man böse fehlgreifen…

  5. #5 Nils
    Dezember 12, 2011

    @Webbaer:

    … so heißt das nicht, dass G oder M nicht auch andere “Funktionen” haben könnten.

    Genau. Es ist aber arg vereinfacht davon zu sprechen, dass man ohne dies zu bedenken “böse fehlgreifen” würde, denn das Klischee der Gott spielenden Wissenschaftler passt eher nach Hollywood als in eine Studie mit 20 oder so Autoren. Oder sprichst du hier einen ganz bestimmten Fall an?
    Das Testen von Hypothese ist nicht gefährlich, es sind die voreiligen Schlüsse, die man daraus ziehen kann. Ich habe hier nicht den Eindruck, dass das der Fall ist.

  6. #6 Dr. Webbaer
    Dezember 12, 2011

    Oder sprichst du hier einen ganz bestimmten Fall an?

    Craig Venter kommuniziert manchmal so oder wird zumindest manchmal so verstanden, als ob die Erfassung (“Sequenzierung”) von Genfolgen direkt hilfreich sei, auch wirtschaftlich.

    Und das Testen ohne Absicht auf Schlussfolgerung bleibt natürlich risikolos und ungefährlich.

    Angenehm, dass das hier so unaufgeregt festgestellt werden kann; unter diesem Gesichtspunkt ist Dr. W unverständlich wie es seinerzeit zu Dissonanzen mit dem ebenfalls freundlich, wie kompetent vortragenden Xeoman kommen konnte…

    MFG + weiterhin viel Erfolg!
    Wb

    PS: Blieb bei korrekter Namensnennung im Zensurfilter stecken, lol.

  7. #7 BreitSide
    Dezember 12, 2011

    Das Bild ist echt sagenhaft! Den langen Text muss ich mir später nochmal reinziehen…:-)

  8. #8 cydonia
    Dezember 15, 2011

    @Nils
    Schöner Post, tolle Sache….kannst du schon halbwegs einschätzen, inwieweit die Vermutungen gerechtfertigt sind, dass sich die Milben Teile von Bakterien- respektive Pilzgenomen zu Nutze gemacht haben? ich meine, das wäre ja dann ein Genaustausch über die Artgrenzen hinweg, und durchaus relevant für die Diskussion.

  9. #9 Nils
    Dezember 15, 2011

    @cydonia:
    Die Autoren sprechen eindeutig von lateralem Transfer. Das Problem ist aber, dass diese Gene bislang einfach noch nicht bei anderen Tieren bekannt sind. Das bedeutet aber nicht, dass sie dort nicht existieren. Ich denke es ist etwas früh um zu sagen, dass es Genaustausch zwischen Vorfahren von Bakterien und Milben gegeben hat. Trotzdem ist es schon ein ziemlich überraschendes und sehr interessantes Ergebnis.
    Nicht erwähnt habe ich übrigens, dass es anscheinend mehrere Transfers zwischen Blattläusen und Milben gegeben hat. U.a. auch von Genen, die ursprünglich von Pilzen kamen. Da sieht das schon etwas zuverlässiger aus, aber trotzdem bleibt das Problem, dass wir einfach noch nicht genug andere Genome kennen. Theoretisch kann die Milbe durch Gentransfer mit der Blattlaus auch an Pilzgene kommen …

  10. #10 cydonia
    Dezember 18, 2011

    Vielen Dank, Nils! Ich guck mal, was ich noch finden kann.

  11. #11 Sören Raudonis
    Februar 14, 2012

    Fantastische Möglichkeiten. In seinem letzten Roman schreibt Arthur C. Clarke
    über den versucht alles leben zu sequenzieren. Das dann alles in nen Supercomputer
    und wir könnten Evolution vorwärts und rückwärts interpolieren,
    Gen-Assambler gibts dann auch bald : endlich auf Dinosauriern reiten 😉