Science Online London 2010

Kategorie: Geistes- & Sozialwissenschaften·Kultur·Naturwissenschaften·Politik·Technik

Während in Barcelona über das Wochenende die EMBO ihr Meeting abhält, bin ich in London in der British Library für Science Online London 2010.

Wissenschaft und Wissenschaftsjournalismus im Internet, sei es auf Blogs, Twitter oder sonst irgendwie, Welchen Einfluss hat das Internet auf die Wissenschaft? Die Kommunikation steht hier klar im Vordergrund, aber auch das Teilen von wissenschaftlichen Daten über das Internet und deren gemeinsame Auswertung und Überprüfung.
Neben klassischen Vorträgen wird ein Teil des Meetings auch als Unconference organisiert sein. Dazu noch jede Menge unterhaltsames drumherum wie Führungen bei der Royal Society, ein Besuch bei der Diamond Light Source, und ein netter Abend auf der Dachterasse bei Mendeley.

Ich weiß noch nicht, ob und wieviel ich während des Meetings hier bloggen kann. Science Online London ist aber natürlich auch auf Twitter vertreten, als @soloconf. Da viele der Gäste auf Twitter unterwegs sind, kann man dem Meeting sicher sehr gut auch vom Rest der Welt aus folgen, indem man den Hashtag #solo10 im Auge behält.
Und für diejenigen mit viel Zeit vor dem Rechner wird es einen Livestream der Konferenz drüben bei Science 3.0 geben!

Autor: Alexander· 02.09.10 · 15:57 Uhr· 0 Kommentare

R-Kurs: 2. und 3. Tag

Kategorie: Naturwissenschaften·Technik  ·  Kommentare: 5

Nun ist schon der dritte Tag des R-Kurses vorüber. Ich habe meine Mitarbeit des zweiten und dritten Tages in einem Dokument zusammengefasst.
Eigentlich sollte es am zweiten Tag hauptsächlich um das Handling von data.frames gehen (das ist sozusagen R's Spreadsheat). Da ich speziell beim Handling von Daten schon etwas sicherer und effektiver bin hab ich diesen Teil nicht wirklich ausgeführt. Ich hab lieber selbstgebastelte Funktionen für die einfachen, zentralen Statistiken (Median etc...) mit den eingebauten Funktionen verglichen.
Danach ging es dann noch etwas um Verteilungen. Hier die Dateien: pdf und Sweave Quellcode.

Besonders bei den Beispielen "so sollte man das im Paper wiedergeben" (Standard Error und Confidece Interval) sind die Sweave in-line "Sexpressions" einfach nur schön!

Das ganze System und auch das Veröffentlichen hier wird mir sehr helfen sicherzustellen, dass ich auch wirklich alles ordentling verdaut hab.

Autor: Emanuel Heitlinger· 11.02.10 · 00:33 Uhr· 5 Kommentare

Drei Wochen R-Kurs

Kategorie: Naturwissenschaften·Technik  ·  Kommentare: 3

Ich bin für die nächsten drei Wochen in London (oder besser in der Nähe von London) für einen Statistik-Kurs mit R. Während ich das Gefühl habe immer besser mit Programmieren in R zurecht zu kommen, befürchte ich oft, dass mir bald für komplexere Analysen nicht die Fähigkeit den Code zu schreiben sondern die Statistischen Grundlagen fehlen.
Daher also dieser Kurs. Der Dozent Mick Crawley ist Biologe und arbeitet an ökologischen Fragestellungen.
Da ich mich in den letzten beiden Jahren immer mehr für ein Arbeiten in einer Unix-Umgebung (Gnu/Linux) begeistern konnte ist es für mich hier auch interessant mit Studenten und Dozenten zu arbeiten, die fest alle an ihrem Windows-System hängen und R als einzige Programmiersprache nutzen.

Ich löse die R-Aufgaben der praktischen Sessions innerhalb von Sweave Dokumenten und möchte in den nächsten drei Wochen hier immer wieder diese Dokumente mit einem kurzen Begleitext veröffentlichen.

Die Daten-Dateien, sind hier von der Seite zu Crawley's R-book herunterzuladen. Das Sweave-Dokument (oder der extrahierte R-code) ist dann im Ordner zu starten, in dem die Datensätze entpackt wurden. Auf nicht Unix-kompatiblen Systemen müssen die Pfade zum Einlesen entsprechend geändert werden (Doppelter Backslash und voller Pfad auf Windows).

Zu viel sollte man sich vom Textteil der Dokumente nicht erwarten, ich benutze das Sweave-System hier hauptsächlich um den Code und dessen Output schön zu bündeln.

Hier ist also der erste Tag als pdf und Sweave source file. Nützliche Befehle zum Plotten mit dem base Grafik-Paket. Da ich in meinem Code schon immer fast ausschließlich das lattice-Paket benutzt hatte, gab es noch ein bis zwei nützliche Dinge zu lernen.

Autor: Emanuel Heitlinger· 09.02.10 · 20:00 Uhr· 3 Kommentare

Mein super nerdy Adventskranz

Kategorie: Kultur·Technik  ·  Kommentare: 2

Leider werden in diesen Weihnachtsdeko-Läden keine Gnus verkauft...

Verbring ich zuviel Zeit vor meinem Rechner? Was hat das alles jetzt mit Wissenschaft oder gar Biologie zu tun?
Na Das! Und Das!

Frohen ersten Advent mit freier Software!

Autor: Emanuel Heitlinger· 29.11.09 · 00:00 Uhr· 2 Kommentare

Reproduzierbarkeit - Wissenschaftliche Arbeit als Software-Projekt

Kategorie: Naturwissenschaften·Technik  ·  Kommentare: 3

Reproduzierbarkeit ist wohl eines der wichtigsten Prinzipien der Wissenschaft. Wir müssen uns darauf verlassen können, dass ein Experiment -die richtigen experimentellen Bedingung und die Abwesenheit von störenden Einflüssen vorausgesetzt- von verschiedenen Personen wiederholbar ist.
Jedem der schonmal in einem Labor ein Experiment durchgeführt hat dürfte klar sein, dass dies in den meisten Fällen nicht so einfach ist. Störende Einflüsse können sehr schwer zu finden und zu beseitigen sein, ganz zu schweigen von der Schwierigkeit aus dem sehr kurzen Methoden-Teil einer Publikationen ein Protokoll abzuleiten. 

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Autor: Emanuel Heitlinger· 18.11.09 · 17:56 Uhr· 3 Kommentare

LaTeX für schönere provisorische pdfs

Kategorie: Technik  ·  Kommentare: 13

Viele werden es kennen: Man möchte sich am Abend einen Ausdruck des brandneuen Papers mitnehmen, auf das man am Morgen per Mail-Alarm aufmerksam gemacht wurde. Manchmal beginnt dann schon der Drucker zu summen, bevor man feststellt, dass die eben heruntergeladene provisorische pdf-Version des Volltexts nicht ganz so schön lesbar ist wie die html-Version des Abstracts das man eben noch vor Augen hatte.

Online Veröffentlichung, wie sie besonders in den open-access Journalen stattfinden, sind eine schöne Sache: Sofort nachdem das Paper akzeptiert wurde ist es verfügbar. Der Nachteil: Die dann zugängliche Veröffentlichung ist, was die Formatierung betrifft, in dem Zustand in dem die Autoren ihre letzte Version eingereicht haben. Oft heißt das bei den von den meisten Biologen bevorzugten Dateiformaten aus Office-Anwendungen doppelter Zeilenabstand und Zeilennummern. Bei einem durchschnittlich langen Paper kommen so leicht mal 30 dünn bedrückte Seiten zustande (ich setze hier keine Links zu Beispielen, da diese dazu verurteilt wären nach einiger Zeit zu den schön formatierten Versionen zu führen).

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Autor: Emanuel Heitlinger· 22.10.09 · 20:21 Uhr· 13 Kommentare

Fixiert auf Methodik - Analyse von Sequenzdaten

Kategorie: Naturwissenschaften·Technik

In der Biologie gibt es momentan einen rasanten technischen Fortschritt was die Sequenzierung von DNA angeht. Es werden mit neuen Methoden immer größere Datenmengen erzeugt. Diese neue Methoden sind insofern neu, dass sie nicht auf den chemischen Reaktionen beruhen, die in den frühen 70er Jahren von Frederick Sanger und Kollegen entdeckt wurden. Tatsächlich wurden nämlich genau diese Reaktionen in einer hoch parallelisierten Form zur Sequenzierung des ersten menschlichen Genoms und für die Genome der bekannten Modellorganismen eingesetzt.

Die Weiterentwicklung der ursprünglichen Technik ging im Fall der Sanger-Sequenzierung mit einer Weiterentwicklung der Methoden zur Analyse der Sequenzen einher. Diese Weiterentwicklung fand auf beiden Gebieten - Chemie der Sequenzierungsreaktionen und Algorithmen zur Dantenanalyse - an öffentlich finanzierten Forschungseinrichtungen statt. Der chemische Part wurde dann im Nachhinein kommerzialisiert.

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Autor: Emanuel Heitlinger· 18.10.09 · 19:23 Uhr· 0 Kommentare

Zwei ideale Bücher zum Einstieg in R

Kategorie: Technik·Themenwoche  ·  Kommentare: 5

Seit etwa einem Jahr, benutze ich R zur Analyse und Darstellung von Daten. R ist sowohl eine "Benutzer-Umgebung" als auch eine Programmiersprache (genauer ein Dialekt der Sprache S).
Mit Benutzer-Umgebung meint man, dass bestimmte (sehr viele) Analyse- und graphische Darstellungstechniken bereits für den Benutzer zur Verfügung gestellt werden und von einer Kommandozeile aus einfach ausgeführt werden können. Der Vorteil einer Programmiersprache liegt auf der Hand: Vom fortgeschrittenen Benutzer können bestehende Techniken modifiziert und erweitert werden.

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Autor: Emanuel Heitlinger· 19.09.09 · 16:23 Uhr· 5 Kommentare

Kostenloser Vogelführer vom NABU

Kategorie: Naturwissenschaften·Technik·Umwelt  ·  Kommentare: 4

Der NABU (Naturschutzbund Deutschland) hat einen kostenlosen Vogelführer als Anwendung für das iPhone und den iPod touch veröffentlicht. Ich habe das Programm mal getestet, und finde es nicht nur praktisch, sondern auch sehr gut gemacht.

Flying in Gold von robokow (cc)

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Autor: Alexander· 12.08.09 · 22:42 Uhr· 4 Kommentare

[ESCAPE]-[META]-[ALT]-[CONTROL]-[SHIFT]

Kategorie: Technik  ·  Kommentare: 7

Emacs¹ ist einer der leistungsfähigsten und dadurch auch komplexesten Editoren. Neben der im Titel benutzten Acronym-Erweiterung finden sich dank dieser Komplexität noch einige andere lustige Namen.
Schon ohne die bis ins letzte Detail mögliche Abstimmung auf den Benutzer findet man für fast alles Tastatur-Abkürzungen, die aus Sequenzen der im Titel
genannten Tasten, kombiniert mit normalen Buchstaben bestehen. Die Maus wird dadurch arbeitslos, die rechte Hand erspart sich viel Bewegung.

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Autor: Emanuel Heitlinger· 04.07.09 · 00:00 Uhr· 7 Kommentare