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Alexander Knoll ist Biologe. Für seine Promotion am Karlsruher Institut für Technologie versucht er, die DNA-Reparatur und -Rekombination in Pflanzen besser zu verstehen.
Emanuel Heitlinger promoviert an den Universitäten Karlsruhe und Edinburgh. Er untersucht mit Hilfe von Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung die Evolution eines Wirt-Parasit-Systems.
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22.10.09 · 20:21 Uhr
LaTeX für schönere provisorische pdfs
Kategorie: Technik · Kommentare: 13
Viele werden es kennen: Man möchte sich am Abend einen Ausdruck des brandneuen Papers mitnehmen, auf das man am Morgen per Mail-Alarm aufmerksam gemacht wurde. Manchmal beginnt dann schon der Drucker zu summen, bevor man feststellt, dass die eben heruntergeladene provisorische pdf-Version des Volltexts nicht ganz so schön lesbar ist wie die html-Version des Abstracts das man eben noch vor Augen hatte.
Online Veröffentlichung, wie sie besonders in den open-access Journalen stattfinden, sind eine schöne Sache: Sofort nachdem das Paper akzeptiert wurde ist es verfügbar. Der Nachteil: Die dann zugängliche Veröffentlichung ist, was die Formatierung betrifft, in dem Zustand in dem die Autoren ihre letzte Version eingereicht haben. Oft heißt das bei den von den meisten Biologen bevorzugten Dateiformaten aus Office-Anwendungen doppelter Zeilenabstand und Zeilennummern. Bei einem durchschnittlich langen Paper kommen so leicht mal 30 dünn bedrückte Seiten zustande (ich setze hier keine Links zu Beispielen, da diese dazu verurteilt wären nach einiger Zeit zu den schön formatierten Versionen zu führen).
Die Lösung: Das Paper als .tex Dokument einreichen! Fast alle größeren Publisher bieten TeX-templates für ihre Paper an, so hat das provisorische pdf auch gleich eine professionelle Formatierung!
Hier der Link zu einem Beispiel in der Endversion, so sah das Ganze in der provisorischen Form aus [provisional.pdf]. Okay schamlose Eigenwerbung. Bin mal gespannt ob meine Zugriffs-Statistiken durch den Eintrag hier nach oben gehen...
Insgesamt ist das Veröffentlichen mit BMC sehr zu empfehlen: Auch wenn mir beim ersten Paper etwas die Erfahrungen zum Vergleichen fehlen ist der knappe Monat von Einreichen bis zur Veröffentlichung wohl als sehr, sehr schnell zu bezeichen. Vorallem wenn man bedenkt, dass in der Zwischenzeit noch zwei hilfreiche Reviews eingeholt wurden, die zeigten, dass die Reviewer das Manuskript auch wirklich aufmerksam gelesen hatten. Nach nur 8 Tagen ist dann auch das endgültige pdf zugänglich, dieses hat dann den Vorteil, dass Tabellen und Grafiken an den richtigen Stellen im Paper sind, statt am Ende. (Im bmc-tex template darf kein /includetable oder /includefigure genutzt werden, sondern diese müssen am Ende gelistet bzw. als gesonderte Dateien eingereicht werden).
Autor: Emanuel Heitlinger· 13 Kommentare· Permalink· Trackback-URL
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Kommentare (13)
Frage mich gerade, ob es Sinn macht Fig 1 und 3 mit "density distribution of dead larvae in cultured eels" (Fig 3) zu betiteln, wenn die Ordinate "percentage of eels" wiedergibt...
Soweit ist ja mit dem Artikel alles in Ordnung, mich irritiert nur das Wort »provisorische«: TeX in einer der vielen Varianten steht einfach nur für schönere PDF-Dokumente;-)
Das Journal wo ich eingereicht habe, hat das schön durch gestaffelte Page Charges motiviert. Im passenden LaTeX-Style vorbereitet = halb so teuer wo in Word. Das nächste Journal WILL dagegen Word haben. Da könnte ich brüllen, vor allem mit Linux verhauts dann aus OpenOffice heraus garantiert alle Formeln.
Ah, die Biologen und ihr Word :) Ist mir bei BMC auch schon öfter aufgefallen und da ärgert mich das separate Aufführen von Bildern mehr als ein unschönes, provisorisches PDF.
Aber bisher hat sich noch jeder, der einmal (ordentlic) LaTeX erklärt und gezeigt bekommen hat, von den Vorteilen überzeugen lassen. Und mit Miktex plus Texniccenter ist auch unter Windows bequemes Arbeiten worden.
Bernd: Ich hatte zwischendurch mal density estimates geplottet, was wie du schonmal bei einem älteren Post bemerkt hast wirklich fast immer besser, mehr Information transportiert. Ich hab mich dann aber (intern nicht von reviews) überreden lassen die barchart variante zu benutzen... der Titel der Plots ist leider geblieben (wie müsste es jetzt eigentlich richtig heißen?).
Die Parasitologe, die das Paper gereviewt haben waren möglicherweise nicht unbedingt Statistik -Experten. Bei meinen zukünftigen Publikationen in Bioinformatik und Evolutionsbiologie wird das sicher anders sein. Ich hab beispilsweise bemerkt, dass meine glms mit glm.nb aus dem MASS package wohl besser geworden wären... mein nächster M&M Statistik Teil wird auch sehr viel genauer werden.
Apropos: Ich hab das Paper leider nicht von Anfang an als sweave .Rnw geschrieben... Ich will es aber irgendwann in ein .Rnw file verwandeln. Bei einem neueren etwas komplizierteren Pilot-analyse Report, der Teil meiner Diss wird hab ich jetzt von Anfang an Sweave benutzt. Zielsetzung: Alle meine Arbeit apen-access publizieren und dann die .Rnw files auf meiner eigenen reproducible research page veröffentlichen.
... das ganze ist wohl sehr ambitioniert, bei der Größe und Komplexität der Analysen, im Moment pipe ich meine perl-scripte direkt in die .Rnw files und nutze dann nachdem ich einmal hab was ich brauch weaver als sweave driver um zu cachen.
Jörg: Für mich kostet die BMC-Publikation anscheinend nichts, da die Uni-Ka ein Abo hat. Bei Plos ist das anscheinend nicht viel anders und ich werde als Biologe wohl Glück haben, dass ich bei den beiden genug Auwahl an Journalen für meine Arbeit hab.
Julia: Guter Punkt eigentlich stören die am Ende aufgeführten Tabellen und Gafiken noch mehr! Es ist auch etwas schwer nachzuvollziehen warum das so vorgeschrieben ist... wahrscheinlich weil es, wenn das Ganze in Word eingefügt ist zum Formatieren noch schwieriger ist.
Die Stelle an der die Tabellen und Grafiken eingefügt werden entscheiden übrigens die Techniker bie der Formatierung. Ich durfte gestern eine finale html version kontrollieren, aus der dann einscheinend das finale pdf kreiert wird.
Zwar kann ich einerseits nur zustimmen: LaTeX-Dokumente sind wirklich viel besser anzusehen - aber der style von dieser Zeitschrift trägt nicht gerade dazu bei.
Doppelter Zeilenabstand sieht einfach furchtbar aus, finde ich.
Schlimmer noch: der ausgeschaltete Blocksatz macht eines der besonderen Features von TeX kaputt - automatische Silbentrennung und extrem ordentlicher Blocksatz!
Ich würde sagen: Wenn TeX, dann wenigstens richtig. So ist das kein Beispiel dafür, dass TeX-Dokumente optisch ansprechender sind als Word-Dokumente..
In Word sieht doppelter Zeilenabstand halt noch beschissener aus. Ich hab zu wenig Erfahrung mit Latex um selbst scon echte Präferenzen entwickelt zu haben, mit Blocksatz hast du aber schon recht...
Das Template wird so in allen BMC Journalen verwendet und auch wenns definitiv schöner geht, ist das ja schonmal ein Anfang.
Ich möchte übrigens anmerken, dass in mir in meinen eigenen Beiträgen solche Sachen auch nicht auffallen würden -- bei anderen fällt mir das leichter ;-)
Man könnte "Percentage of ..." oder "Frequency of ..." schreiben.
Thema glm.nb: Jetzt hast Du eine transformierte (log) Variable verwendet, oder? Bei mir hat das bei count models nie hingehauen. Aber gut, wenn die Gutachter eh keinen tieferen Einblick haben...
Zu Deinen Sweave+Perl-Erfahrungen kannst Du ja mal etwas schreiben. Würde mich interessieren :-) Obgleich ich wohl nie wieder Perl verwenden werde.
Ja log-transformiert. Ich hab die glms vor etwa einem halben Jahr gemacht und damals schon festgestellt, dass sie nicht unbedingt hinhauen (die plots sehn halt sehr schlecht aus)... Ich hab jetz ja auch nur einen halbsatz drüber in den Resultaten gelassen... hätt ich wahrscheinlich lieber ganz lassen sollen - oder müssen bei anderen reviewern.
Zu den sweave Perl Erfahrungen: Ich werde sicher hier mal nen kleinen Eintrag schreiben, allerdings hab ich mir auch schon überlegt dafür meinen alten blog mit neuem Themenschwerpunkt und in Englisch aufleben zu lassen. Es ham sich dann doch schon viele kleine shell, perl, lisp und R schnipsel angesammelt die ich vielleicht mal ohne lange Kommentare posten möchte, die auf sb dann aber vielleicht etwas verlohren rumstehen würden...
Ich willl mich in nächster Zeit noch in Subversion einzuarbeiten, dann hab ich denke ich das "Tool-Setup" für meine Diss. Und schreibe darüber.
Ich wollte vor ein paar Jahren schon mit subversion anfangen, habe es dann aber aus diversen Gründen gelassen. Seit etwa 6-8 Monaten nutze ich jetzt git, das gegenüber subversion diverse Vorteile hat, an die ich mich jetzt aber nicht mehr genau erinnere :-). Einen interessanten podcast zu dem Thema gibt es auf CRE .
Der Link auf den podcast von Chaosradio Express "Verteilte Versionskontrollsysteme" ist im letzten Kommentar verschwunden.
@stefanolix: Mit "provisorisch" ist gemeint, dass ein Editor der Zeitschrift den Artikel noch einmal richtig layoutet, sobald damit alles in Ordnung ist. Die meisten Zeitschriften stellen bis dahin (und das kann schon mal Wochen bis Monate dauern) die von den Autoren eingereichte, eben "provisorische" Version online. Und die Vorgaben für Word-Dokumente sind da deutlich hässlicher als die Version von Emanuel.
@Ele: Glückwunsch für den Erstautor!