Gepanzerte Fische und zerstückelte DNA

Kategorie: Naturwissenschaften

Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (Restriktion Fragment Length Polymorphism; RFLP) ist an sich schon ein schwieriges Wort, mit dem man vielleicht nicht unbedingt einen Artikel anfangen sollte. Wer trotzdem nicht zu sehr abgeschreckt ist, dem möchte ich versuchen zu erklären, wie man diese intelligente und etablierte Technik in Verbindung mit Hochdurchsatzsequenzierung nutzen kann. Zunächst mal ein Bild wie das früher aussah.
Quelle: Englisches Wikipedia

...mehr

Autor: Emanuel Heitlinger· 31.05.09 · 23:10 Uhr· 0 Kommentare

Richard Dawkins: Growing Up in the Universe

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 7

Ich will ja nicht Jörgs Video am Freitag™-Segment klauen, und dafür ist das hier auch deutlich zu lang. Für ein verlängertes Wochenende lohnt es sich aber allemal: Fünf Stunden Richard Dawkins in der Royal Institution Christmas Lecture! Diese 1825 von Michael Faraday gegründeten Vorlesungen sollen komplexe wissenschaftliche Dinge in einer unterhaltsamen, aber trotzdem lehrreichen Weise einem fachfremden Publikum näher bringen.
In einem modisch und technisch erschreckend alt daherkommenden 1991 hielt Richard Dawkins fünf einstündige Vorträge über das Leben und die Evolution, die von der BBC übertragen wurden. Ganz egal was man von seinen Ansichten halten mag, sei es Religion und Atheismus, oder seine sehr adaptionistische Auslegung, kann man eigentlich nicht seine große Gabe übersehen, komplexe wissenschaftliche Zusammenhänge anschaulich und spannend zu erklären. Wem also Dawkins Bücher gefallen haben, der wird auch jede Menge Spaß mit den Videos haben!

Oh, und für die Ungeduldigen: Im vierten Teil liest Douglas Adams aus dem Anhalter durch die Galaxis (ab etwa 2:30) - das darf man sich nicht entgehen lassen!

...mehr

Autor: Alexander· 21.05.09 · 08:51 Uhr· 7 Kommentare

TORe schießen für ein längeres Leben?

Kategorie: Medizin·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 5

Letzte Woche war ich auf dem Meeting "Chromosome Dynamics and Genome Stability" in Villars-sur-Ollon in der Schweiz. Eigentlich war das sogar ein Schweiz-Japan Meeting, auf dem ich gar nichts zu suchen gehabt hätte, aber eine Einladung schlägt man nicht aus. Dank Wucherpreisen des Hotels und swisscom hatte ich die drei Tage über keinen Internetzugang, ein Liveblogging der Vorträge war deshalb leider nicht möglich (das hatte ich eigentlich vor, hab aber klugerweise keine Ankündigung gemacht). Das war aber vielleicht sogar gut so, denn die meisten Vorträge waren aufgrund des relativ eng gefassten Themas des Meetings zu speziell, um darüber einfach so ein paar Sätze zu schreiben [1]. Ich habe mir deshalb einen Vortrag herausgepickt, den ich für allgemein und spannend genug halte, und dessen Ergebnisse weitgehend bereits publiziert sind. Ich will ja schließlich nicht die Kollegen verärgern.

...mehr

Autor: Alexander· 20.05.09 · 19:19 Uhr· 5 Kommentare

Ist Pfropfung grüne Gentechnik?

Kategorie: Naturwissenschaften·Umwelt  ·  Kommentare: 8

In der Mitte des 19. Jahrhunderts führte das Einschleppen der amerikanischen Reblaus zusammen mit Lieferungen von Weinreben über England nach Frankreich zu der heute als Reblauskatastrophe [1] bekannten Epidemie. In der ehemaligen französischen Provinz Languedoc beschrieben die Winzer um 1863 eine Fäuleerkrankung ihrer Weinreben, die sich schnell über ganz Frankreich und dann das übrige Europa ausbreitete. Der Effekt war dramatisch: Allein in Frankreich kam es zu Verlusten von fast 50% der Ernten, ganze Weinberge starben ab. Dies führte auch zu großen finanziellen Verlusten, man geht heute von insgesamt 10 Milliarden Francs und einer Zunahme der Arbeitslosigkeit aus.
Bis die Ursache für diese katastrophale Erkrankung gefunden wurde, vergingen mehrere Jahre. Erst 1868 schlug der französische Biologe Jules-Emile Planchon aufgrund einer eher zufälligen Entdeckung die Reblaus als Wurzelschädling vor. Heute ist bekannt, dass sich die Reblaus während einer Phase ihres recht komplexen Lebenszyklus unterirdisch aufhält und dort die Wurzel ansticht, um am Saft zu saugen. Dabei injiziert sie aber gleichzeitig ein Gift, das die Struktur der Wurzel zerstört. Die Rebe erhält keine Versorgung mit Wasser und Mineralstoffen mehr und stirbt ab.
Im Jahr 1870 rief die französische Regierung dann eine Kommission ins Leben, die unter Vorsitz von Louis Pasteur hunderte von Vorschlägen prüfte, die aber alle erfolglos blieben. Letztlich etablierte sich eine Methode, die auch noch heute eingesetzt wird: die Pfropfung.

Die rasende Infektion der europäischen Weinberge war nur deshalb möglich, weil die Reblaus aus Amerika stammte und in Europa gänzlich unbekannt war; die europäischen Zuchtreben von Vitis vinifera besaßen und besitzen noch heute keine Resistenz gegen den Erreger. In Amerika ist das anders; die Wildformen des Weins im Amerika dagegen sind zwar resistent gegen die Reblaus, aus ihnen lässt sich aber kein hochwertiger Wein produzieren. Darum werden die positiven Eigenschaften der zwei Rebsorten miteinander kombiniert: Auf einen Reblaus-resistenten Wurzelstock einer Wildart wird ein einjähriger Trieb einer Edelart aufgepfropft. So erhält man die Qualität des Weines, hat aber gleichzeitig den Vermehrungszyklus der Reblaus unterbrochen. Fast alle weltweit gepflanzten Reben im Ertragsweinbau bestehen heute aus einer solchen gepfropften Kombination. Und natürlich spielt die Pfropfung auch im Gartenbau weiterer Nutzpflanzen eine wichtige Rolle.

Mit dem Wissen über die Bedeutung des Pfropfens für die Landwirtschaft im Hinterkopf möchte ich jetzt über ein Paper schreiben, das vor kurzem in Science erschien.

...mehr

Autor: Alexander· 13.05.09 · 19:23 Uhr· 8 Kommentare

Ein Video von meinem Arbeitsplatz

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 1

OK, nicht direkt von meinem Arbeitsplatz, aber aus dem Institut, an dem ich arbeite. Vor etwa einem Monat startete ein neues Förderprogramm der EU namens RECBREED, über das auch die Arbeit von ein paar meiner Kollegen bei uns am Institut gefördert wird.
Zu diesem Thema wurden wir vom "Wissenschafts- und Dokumentations-Sender für Baden-Württemberg" Prometheus besucht. Für ein paar Tage noch steht auf der Webseite von Prometheus ein Video online, in dem mein Chef Prof. Dr. Holger Puchta das Ziel des RECBREED-Projekts erklärt. Nebenbei zeigt meine Kollegin Nadine Roth einen wichtigen Arbeitsschritt, über den ich auch schon mal gesprochen habe: Die Kreuzung von zwei Linien der Ackerschmalwand Arabidopsis thaliana, dem pflanzlichen Modellorganismus. Wie man sieht braucht das gute Augen und ein ruhiges Händchen! ;-)
Die Aufnahmen entstanden übrigens an einem Ort, an dem ich mich fast täglich aufhalte: unserem Versuchsgewächshaus, in dem unsere vielen Arabidopsis-Linien angezogen werden.

Wer sich also mal einen kleinen Einblick in ein neues Projekt von uns, und natürlich in das Kreuzen von Arabidopsis, verschaffen möchte, hat ein paar Tage Zeit dafür (danach leider nur noch nach Bezahlung oder über das digitale Kabelnetz in Baden-Württemberg). Geht dafür einfach auf die Seite von Prometheus und klickt auf "Stream". Der Beitrag dauert etwa zwei Minuten und ist im Video vom Freitag zu finden, ab ca. 4:00 Minuten.

Autor: Alexander· 12.05.09 · 12:59 Uhr· 1 Kommentar

Ulrich Kutschera: "Tatsache Evolution. Was Darwin nicht wissen konnte." (der Vortrag)

Kategorie: Kultur·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 5

Gestern abend startete das Colloquium Fundamentale der Uni Karlsruhe, das sich in diesem Semester mit Darwins Auswirkungen auf Wissenschaft und Gesellschaft auseinandersetzt. Unter dem Titel "Erschöpfte Schöpfung? Charles Darwin und seine Wirkung" werden in den nächsten Wochen Vorträge und Diskussionen zu diesen Aspekten stattfinden [1].
Zum ersten Termin war Ulrich Kutschera geladen, Professor für Pflanzenphysiologie und Evolutionsbiologie der Uni Kassel und der Carnegie Institution of Science der Standford University. Er ist wahrscheinlich auch Leuten ohne biologischen Hintergrund bekannt, weil er sich auch in den Medien (nicht unumstritten) für das Verständnis von Evolution ein- und mit Kreationisten auseinandersetzt. Sein aktuelles Buch "Tatsache Evolution. Was Darwin nicht wissen konnte." war auch Thema seines Vortrags, darum orientierte sich dieser an Aufbau und Inhalt des Buches.

...mehr

Autor: Alexander· 08.05.09 · 09:58 Uhr· 5 Kommentare

Der weite Weg zur Wissenschaft

Kategorie: Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 1

Nein nichts philosophisches! Zeit für einen Eintrag zu meinem persönlichen Eindruck von meiner momentanen Arbeit.

Teil 1 - Die Aale

Vor einer Woche hatten wir eine Schüler-Praktikantin. Einen Nachmittag lang durfte ich mich um sie kümmern. Sie sollte laut eigener Auskunft einfach einen Eindruck von unserer Arbeit erhalten, was auch immer diese gerade im Tagesgeschäft ausmacht. Ich habe mich trotzdem verpflichtet gefühlt ihr zu zeigen, warum wir mehrere Stunden lang Aquarien im Fischkeller von Kalk befreien und habe ihr daher vorher diese Präsentation zur Beschreibung meines Projektes gezeigt.

Der Keller ist jetzt nach fast einem Monat harter Arbeit sauber, ich hatte das komplette Durchlaufsystem auseinander genommen entkalkt und desinfiziert. Morgen kommen meine Japanischen Aale am Flughafen Frankfurt an.
Das heißt um 7 in Frankfurt sein, die Frachtpapiere in Empfang nehmen (Cargo City Süd), mit diesen Papieren dann in die Cargo City Nord an Tor 25 zu den Veterinären, dort die tierseuchenrechtliche und tierschutzrechtliche Genehmigung (in einer Putz-Pause beantragt) vorzeigen und auf die korrekt ausgefüllten Papiere zur EU-Verordnung zum Lebendfischeinfuhr in der Transportkiste verweisen. Weiter geht es an Tor 26 (ebenfalls Cargo City Nord) zum Zoll um eine sehr freundliche Entschuldigung vorzubringen, dass die Zollanmeldung über das Internetportal (schaut mal wie weit ihr dabei kommt) -wie schon anhand der Information der freundlichen Beamtin befürchtet- ohne Anwalt oder Profi von einem Speditionsunternehmen zu schwierig war und daher falsch ausgefüllt ist. Dann das Formular "G.U.D.E"von den Veterinären vorzeigen und die Bestätigung unseres Kooperationspartners , dass die Aale kostenfrei gesendet werden.
Hoffentlich kann ich dann schon kurz nach Mittag die Kiste mit den Aalen nach Vorlage aller Formulare am Perishable-Center in Empfang nehmen und die 300 Fische in die drei mit Membranpumpen belüfteten Wassertanks im Opel Corsa laden.

Wenn ich dann zurück bin müssen die Aale mehrere Wochen lang an die neue Umgebung gewöhnt werden, und es gibt eine länger Reise nach Norddeutschland um 300 Europäische Gattungsgenossen abzuholen.

Am Tierversuchsantrag müssen laut Regierungspräsidium noch einige Verbesserungen vorgenommen werden, dann erst können die Fische mit den Würmern infiziert werden. Die Würmer müssen vorher, um für den Aal infektiös zu sein, natürlich erst den Zwischenwirt passieren. Etwa 10,000 Copepoden, einzeln in den Vertiefungen von Mikrotiterplatten - jeder 5 Larven.

Ja! Ich mache das alles nur um einige Moleküle aus den Würmer in diesen Fischen zu erhalten. Und wenn man es mal so knapp zusammenfasst dann macht es auch wieder Spass!

nächstes mal: Teil 2 - Bioinformatik

Autor: Emanuel Heitlinger· 07.05.09 · 22:40 Uhr· 1 Kommentar

Nicht Wahrheit, sondern Plausibilität

Kategorie: Geistes- & Sozialwissenschaften·Naturwissenschaften  ·  Kommentare: 12

Es ist nun bereits mehr als einen meinerseits post-losen Monat her, dass ich vom "Ersten Status Symposium der Initiative Evolutionsbiologie der Volkswagen Stiftung" in Münster zurückgekehrt bin.
Sehr großen Eindruck hat auf mich Volker Sommer, Professor für Evolutionäre Anthropologie am UCL gemacht. Dies ist erstaunlich, da, ganz entgegen meinem derzeitigen Interessen, nicht Methoden oder Resultate im Mittelpunkt seiner Ausführungen standen, sondern ehre philosophische und gesellschaftliche Themen.

...mehr

Autor: Emanuel Heitlinger· 05.05.09 · 22:21 Uhr· 12 Kommentare